Некоторым лабораториям могут потребоваться операции, выполняемые при низком уровне загрязняющих веществ, таких как переносимые по воздуху микробы, частицы и пары. Сушильный шкаф для чистых помещений необходим для образцов, которым требуется среда с чистым воздухом. В сушильном шкафу этого типа используется фильтр HEPA, который может обеспечивать класс очистки 100 и может свести к минимуму или полностью устранить загрязнение частицами. Yamato Scientific предлагает сушильные шкафы для чистых помещений в сериях DE(S) и DT(S), которые разработаны для соответствия процессам очистки класса 100.